怖いもの知らずでこれまで数々の事件を解決してきた碇が、「水恐怖症」だという噂を気にする日下部と礼子。
そんななか、碇は発泡スチロールに書かれたアルファベットと数字の組み合わせを読み解き、湾岸の介護施設「キズナオーシャン豊洲」から発泡スチロールが流れてきたことを突き止めた。
介護施設で連続殺人が行われているのか…碇（佐藤隆太）らは施設職員の三上（松本怜生）の行方を追う！
さっそく「キズナオーシャン豊洲」を訪れた碇は、「警察」という言葉に反応した介護職員の三上慎吾（松本怜生）と彼が車椅子を押していた老女・宇部八重子（今本洋子）に目をつける。日下部は2人を追おうとするが、福留洋子（柴田理恵）という入居者が「次は私が殺される！」と騒ぎ始めた。
取り調べに応じた福留は、施設で連続殺人が起きていると主張。発泡スチロールに入った「小指」は、福留が助けを求めるために施設で“殺された”老人の指を切り落としたものだった。
流れ着いた小指と第六台場で発見された右足のない遺体の事件が関連していると思っていた一同が肩透かしを食らうなか、第六台場の遺体は銃殺だったことが判明。「第六台場は陸地だから」と湾岸署に事件を奪われた日下部は「くたばれ湾岸署！」とやりきれない思いを海にぶつけるが、切断された小指から毒物が検出され…。
“殺人”が行われているのは決まって水曜日と主張する福留の供述から、第六台場の遺体が「キズナオーシャン豊洲」の入居者・服部義光（原田文明）だったことがわかる。
2つの殺人は同一犯の犯行と見て施設長の四倉絵美子（山野海）に話を聞きに行った碇たちは、服部が三上のIDを奪い、自らの意思で脱走したことを知る。三上には服部の失踪時のアリバイがあったが、入居者の宇部を虐待していたことが判明してから無断欠勤を続けていた。
三上から暴力を受けていた宇部が、「139463538」という奇妙な数字の羅列を繰り返し呟いていることに着目する碇。しかし観閲式を前に湾岸署との関係を悪化させたくない玉虫は、捜査の中止を命じる。
かつて海技職員として東京湾沖で起きた航空機の墜落事故で少年の命を救うために奔走した玉虫を、「海技職員としての正義感と心意気はどこへ行ったんだ？」と問い詰める碇。そのとき、碇は宇部が繰り返していた数字が、緯度と経度の組み合わせだと気づく。
宇部が呟いていた「東経139度46分／北緯35度38分」に当たる場所は、第六台場。資産家だった服部が第六台場に財産を隠していたことを知った三上が、財産を奪って服部を殺したのではないか…。碇の推理を元に、一同は三上の行方を追うことに。
三上が実家のある青森行きのチケットを取っていたと知った日下部たちは羽田空港に向かうが、それは三上による罠。三上の思惑を読んでいた碇は礼子と共に三上の乗った小型船を追うが、小型船に同乗していた田淵に三上が撃たれてしまう。
しかし碇は、海に落ちた三上を見ても動くことができず…。
