由起子は碇に、礼子から聞いた話として、日下部の母が末期がんであることを報告。日下部の苦しみを知った碇は、事件についての報告も聞かずに礼子を突き放す。日下部は、碇とのやり取りで礼子が傷ついたことを察するが…。
そんななか、福本が亡くなる1時間前に弓枝が自宅のある有明駅からゆりかもめに乗っていたことを突き止めた碇たち。チームはその後の弓枝の動きを特定しようとするが、先に湾岸署が弓枝を逮捕してしまう。
碇（佐藤隆太）は事件に黒木（柿澤勇人）と三上（松本怜生）が関係していることに気づく
事件当日、弓枝が福本から海雪に呼び出されていたこと、事件現場の扉の外側から弓枝の指紋が検出されたことから、逮捕に踏み切った和田。
弓枝が福本にDVを受けていたことも隠していた和田たちに日下部は怒り心頭だが、碇は弓枝が自供をしておらず、密室の謎も解けていないことから引き続き捜査を続けることに。
すると、福本が亡くなる1ヵ月前に窃盗事件が起きていたことが判明。何者かが船のスペアキーを持っていたのなら、密室の謎は解ける。
一方、日下部は事件当日、船に閉じ込められたという福本の連絡を受けて駆けつけた弓枝が、自分よりも海雪を愛する福本を放置してその場を立ち去ったことを湾岸署から聞き出してきた。
弓枝の証言が正しければ、福本にケガを負わせた人物は他にいる可能性が高い。そんななか、船の移転工事の担当者リストから三上の名前が見つかる。
移転工事に三上を含む人材を派遣していたのは、黒木が営む湾岸海洋ヒューマンキャリア。黒木が事件に関係している可能性を疑う碇は、日下部が撮影してきた事件現場の野次馬の中に黒木や三上の関係者がいないか、調べることにするが…。
野次馬の映像にヒントを受け、黒木が接待していた相手が福本だったことを突き止めた碇は、事件に黒木が関わっていることを確信。同じ頃、三上は大沢に連れられて黒木の元を訪れていたが、事件当日に船の中で倒れる福本を目撃していて…。
事件が急展開を迎えるなか、巨大な台風が東京へと近づいていた。
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