科警研で発生した放火殺人の容疑者となった尾藤宏香（松雪泰子）の無実を証明しようと動いていた土門誠（藤木直人）は、元科警研職員・下垣満行（中島多朗）の犯行であることを突き止める。
しかし、警察が下垣の自宅に踏み込むもすでに死亡しており、遺体のそばには“土門 Ｈ”というメモが残されていた。
その直後、土門のもとに一連の事件を企てた氷室崇志（堀部圭亮）から電話がかかってくる。
氷室は「科学は嘘をつかない…そんな幻想を、君はまだ信じているのか？」と語りかけ、土門は真の狙いは尾藤ではなく自分だったことを悟る。
刑事の都丸勇人（中沢元紀）によると、下垣の死因は毒物による中毒死とのことだった。
しかしその毒物は未知の化合物である可能性が高く、下垣にそのようなものを作れる技術はないと考えられている。
さらに、科警研へのサーバー不正アクセスについても高度な技術が使用されており、科学とIT両方に長けた犯人像が浮かび上がってきた。
翌日、鑑定所に土門と尾藤の大学時代の同期・原田俊吾（袴田吉彦）がやって来る。
土門はITセキュリティーのスペシャリストでもある原田に、サーバーに侵入した人物の特定を依頼。土門は下垣が摂取した毒物の鑑定を、そして原田は不正アクセスの解析をはじめ…。
