千堂外務大臣（生瀬勝久）の一人娘・咲が誘拐された。

警察は被疑者と思われる吉田さなえ（千葉雅子）の自宅に踏み込むが、さなえはその場で死亡。「第九」がさなえの脳をスキャンして、咲の居場所特定を試みることになる。

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MRI映像には、さなえが、港のコンテナの中で横たわる咲とみられる女子高生に、わずかばかりの水と食料を与える様子が映っていた。

しかし、コンテナはすでに日本と国交のない中東の国の貨物船に載せられて出港。救出のチャンスは船が日本の領海内にいる間だけとあって、薪剛（板垣李光人）や青木一行（中島裕翔）の顔にはあせりの表情が浮かぶ。

そんななか、さなえと千堂の接点も明らかに。

20年前、国際医療支援のスタッフだったさなえの娘は集団拉致事件に巻き込まれ、遺体が見つからないまま死亡と断定されていた。

その際、中東アフリカ局長として当該国との交渉にあたったのが千堂だったのだ。

20年前の復讐だと知った千堂は、逆恨みだと激怒。「第九」の捜査にも業を煮やし、自らの立場を利用して国の機関を動かそうとするが…。

一方、MRI映像に拉致の瞬間が映っていなかったことから、薪は共犯者の存在を確信し、その矢先、さなえの元夫・淡路真人（伊武雅刀）が消息不明だとわかる。

すると、薪の脳裏にはある可能性が浮かび上がり…。