＜あらすじ＞

ニューヨーク・ブルックリンで配管工を営む双子の兄弟、マリオとルイージ。水道管の修理をしていた2人は、謎の土管を通って不思議な世界へと迷い込み、離ればなれになってしまう。

マリオが辿り着いたのは「キノコ王国」。キノコ王国の住人であるキノピオの助けを借り、強い意志をもつリーダー・ピーチ姫から訓練を受けたマリオは、やがて自らの力を発揮していく。

一方、ルイージは、「キノコ王国」を支配しようとたくらむカメ族の大魔王・クッパが支配する「ダークランド」へとたどり着き、とらわれの身となってしまう。

マリオは、王国を脅かすクッパの野望を阻止し、ルイージを救出するため、壮大な冒険へと身を投じていく。