三雲華（深田恭子）は、娘の杏（小畑乃々）に自分たちが“Lの一族”だと知られてしまう。尊（渡部篤郎）が教えてしまったのだ。
一方、盗賊団が抱える殺し屋ナターシャ（太田莉菜）の凶刃に倒れた桜庭和馬（瀬戸康史）は、警察病院に運び込まれる。典和（信太昌之）と美佐子（マルシア）、娘の杏、そして事件現場から付き添った北条美雲（橋本環奈）に見守られる和馬。
そんな状況でも、世間を騒がせている“Ｌの一族”である華たち三雲家の面々は和馬のもとへ駆けつけることは出来ない。
華たちは、ただ祈ることしかなかったが、願い虚しく和馬は心肺停止状態に…。しかし、和馬は夢の中で円城寺輝（大貫勇輔）に家族への愛を思い起こされて、一命を取り留めた。
三雲家にもこの連絡が入る。一同が安堵する中、渉（栗原類）は、なぜ自分たちが“Lの一族”であることを杏に教えたのだと尊を責める。尊は、いずれ杏に分かってしまうので、その前に向き合うことが必要だったと言い、三雲家から出て行ってしまう。
病院から戻った美雲は、山本猿彦（我修院達也）に、和馬の窮地になぜ“Lの一族”が現れなかったのかと疑問をぶつける。「所詮は泥棒。逃げることしかできない」という憎まれ口をききながら猿彦が襖を開けると、尊がいるではないか。
祖父の仇と身構える美雲に、尊は宗真（伊吹吾郎）の死の真相を知る人物を連れて来たと言う。巌（麿赤兒）だ。
巌は“Lの一族”を殺して、宝を奪おうとしている盗賊団がいると話し出した。そんな時、巌は宗真が“Lの一族”の居場所を掴んだとの情報を得る。そして、巌は宗真の調査資料を奪うため京都へ行くのだが、一足先に盗賊団に盗まれてしまった。
盗賊団は宗真を刺し、屋敷に火を放って逃走する。足を刺されて動けない宗真は、悪党に殺されるよりは良いと自害を選んでいた…。
美雲は、巌の話を信じようとしない。調査資料は耐火金庫に保管されていたからだ。すると尊は、金庫に保管された資料には続きがあったと言う。宗真が死の間際まで書いていた55巻。
尊は、その55巻に“Lの一族”の秘密が書かれているはずだと話す。それでも信じない美雲に、尊は確かに宗真を死に追いやったのは“Lの一族”だが、それは自分たちではないと言い、盗賊団には黒幕がいると教える。
杏は和馬の病室へ行き、尊から三雲家が“Lの一族”だと聞いたことを話す。泥棒は悪いことだと悲しむ杏に、和馬は自分がいかに華を愛しているかを話す。
華が泥棒一家の娘としてどれだけ悩んでいたか、杏をどれだけ愛していたかも伝える和馬。そして、和馬は心を痛めている華に会いたいと思った時には、抱きしめてあげて欲しいと杏に頼んだ。
華は、杏が学芸会で着る泥棒衣装を縫い上げ、手紙を添える。
そこに尊たちが現れた。尊は、世間がますます“Lの一族”が生きていると信じ始め、映画化の話も頓挫していると告げる。悦子（小沢真珠）は高飛びを持ち出すが、尊は逃げずにこの騒動を終わらせる秘策があると自信がありそう。
そんな所へ、美雲と猿彦が来た。身構える華たちを制した尊は、美雲たちに協力を要請したと話す。それは、宗真の書いた“Lの一族”の調査資料55巻を盗賊団から奪い返すのだ。
美雲は、ナターシャや大柄な男（岡元次郎）たち盗賊団に会い、“Lの一族”の居場所だと、中止になった映画のオーディション会場を教えていた。特定のアジトを持たない盗賊団は、調査資料を持ったままオーディション会場に来るだろうと言う尊。
ここからは三雲家の仕事だと、尊は美雲に待っていて欲しいと告げる。しかし、美雲は完全に尊を信じたわけでは無いと同行を申し出た。華も、これ以上、和馬や杏を傷つけることは出来ないと調査資料奪還に参加する。
華たちがオーディション会場へ向かう中、桜庭家に荷物が届く。華が杏のために作った泥棒衣装だ。中には、杏への手紙も同梱されている。手紙には、華が杏を騙したことへの償いの言葉とともに、杏への深い愛があふれていた。杏は美佐子や典和に促され、華たちのマンションへ。
一方、猿彦から華や美雲たちが盗賊団のもとへ行ったと聞いた和馬は、病室を抜け出す。傷の痛みに耐えながら急ぐ和馬の前に現れたのは、和一（藤岡弘、）。和馬は、和一の操るバイクに乗せてもらってオーディション会場へ向かう。
華たちは、盗賊団が待ち受けるオーディション会場へ踏み込んだ。華は盗賊団の手下を尊たちに任せ、調査資料を奪いに行くのだが、ナターシャと大柄な男に捕らえられてしまう。ナターシャたちは華を盾に、尊たちも拘束した。
同じ頃、杏はマンションに着くが誰もいない。渉の部屋を覗いた杏は、てんとう虫3号が送る映像で華たちの危機を知る。
大柄な男に“Lの一族”の宝の隠し場所を聞かれた尊は、アジトに案内すると観念する。だが、それは尊のウソで、誘い出した盗賊団の手下たちを別行動をとっていた美雲と渉に倒させた。
残された華は、大柄の男の隙を見て拘束されたまま襲い掛かる。しかし、ナターシャの放つナイフに下がるしかない。そこに、到着した和馬が華をかばう。だが、ナターシャの凶刀は、確実に2人の命を奪おうとしていた。
その時、思わぬ助けがやって来る。華の作った泥棒スーツに身を固めた杏だ。覚醒した杏の動きは素早く、次々と盗賊団を倒して行く。その隙に、戒めを解いた華たちも加勢。尊と美雲、渉もやって来て、たちまち形勢逆転。ナイフを放っていたナターシャは、そんな修羅場から逃げ出した。
そして、華は大柄な男をLの手刀で打ち負かす。杏は華のもとへ駆けつけ、和馬に言われた通りに抱きしめた。華たち親子に平穏が戻ろうとしていた。
宗真を死に追い詰めた大柄の男に復讐しようと短刀を振りかざす美雲は、尊に引き止められる。そして、尊は奪い返した宗真の調査資料55巻を美雲に渡す。そこには“Lの一族”の家系図が書かれていたが、まだ見ぬ名前が書かれていた。
尊は、宗真が掴んだのは、まだ世に知られていないもう1人の“Lの一族”だと美雲に教える。
華たちは、盗賊団の手下たちに強化した忘却スプレーをかけて後始末。しかし尊は、大柄な男はスプレーをかけずに逃すと言う。それが、尊の秘策だった。
“Lの一族”が世間に死んだと思わせた日から奪い続けた宝や泥棒衣装をその場に残して去る。盗賊団が“Lの一族”を真似て宝を奪っていたことにして、自分たちは本当に死んだと世間に思わせるのだ。
尊は“Lの一族”が逃げたと、和馬に捜査本部へ連絡を入れさせた。大柄な男は尊の思惑通りに逃走するが、合流したナターシャに「お前はもう、いらない」と殺されてしまう。
こうして、三雲家に再び平穏が訪れた。世間は尊の思惑通りに動いている。しかし、宝をすべて失った悦子の欲望は止まらず、お宝不足の偏頭痛。
華は、この機会に泥棒はやめようと促すが、尊はそれとこれとは別と取り合わない。これが三雲家、“Lの一族”の平穏な日常？華の悩みに終わりは無さそうで…。
